而说到时下流行的电子商务，似乎在业内推广出现一定困难，即便有网上商户，很多还是线下交易。电子商务显然是处于只“提供信息”的初级阶段，而更高级的阶段则是介入“交易过程”发展。通俗地说，就是能直接帮助园林企业或个人完整地完成做生意的过程。
杨新杭总结了这种新模式发展的问题和障碍：苗木种植和交易没有国家标准、行业标准和企业标准；苗木质量、运输成本、人力成本、土地成本等变化大；苗木产品没有国家制定质检机构和质检标准。
如果说苗木标准化不达标是其中的关键点，那么作为解决这一问题关键的容器苗发展目前还远远不够。孙妙夫表示，要在国内实现大面积覆盖至少还需要5年时间，而且这里所说的容器苗还不是严格意义上的。
国外在这方面已经比较成熟，整个欧洲园艺产品生产企业也就300家，它们在每年的几个交易展会上就能签订全年生产中的大部分订单，剩下的时间就是潜心进行产品生产，研究产品如何更精致更统一，这些都为网上交易实现打下基础。而国内一个省就能有3000家生产企业，而且水平参差不齐。
中国园林网尝试花木交易的电子商务模式已有一段时间，总经理陈勇说产品标准化欠缺及其所带来的退货现象多是主要问题。该网站解决问题的办法就是建立专家审定团，交易一旦出现问题由专家审定仲裁。这种做法相当耗费时间和人力等，所以目前中国园林网还仅限为网站会员提供这种服务。而这种方法治标难治本，更凸显出发展苗木标准化的重要性。
陈勇强调苗木网上交易具有的方便快捷、信息量大等优势，必然有其发展空间，将成为丰富未来花木营销手段、加强与国外产业沟通交流的亮点。商户利用这种模式时应注意几点问题，比如着重考虑消费者购买产品的方便性，研究他们为满足需求愿意支付的成本等，加强供求双方之间的交流。
