自治区林业厅厅长尼加提·马合木提说，湿地与森林、海洋并称为地球三大生态系统，是极其重要和不可替代的生态系统，被誉为“地球之肾”。湿地具有涵养水源、净化水质、调蓄洪水、控制土壤侵蚀、补充地下水、美化环境、调节气候、维持碳循环等功能，是生物多样性的重要发源地。新疆是比较典型内陆干旱区，湿地资源极其珍贵。
据全国第一次湿地资源调查结果显示，新疆全区现有各类湿地约148万公顷，占全区国土总面积的0.8%，其中河流湿地45个，湖泊湿地108个，沼泽湿地148个，人工湿地134个；湿地的垂直分布从海拔负154米至山地4800米，形成了复杂多样的内陆干旱区特有的湿地生态系统。多年来，由于人口增长、水资源不合理开发利用以及环境污染等原因，使新疆全区湿地不断萎缩。目前，全区湿地面积由建国初的280万公顷降至148万公顷，湖泊面积由1.2万平方千米降至7000平方千米。湿地面积减少使多种水禽和依赖湿地生存的野生动植物失去生存空间，数量大量减少，甚至出现濒危或灭绝现象。
近年来，新疆湿地保护工作不断加强，取得了一定成效。全区共计建立湿地类型自然保护区13处(其中国家级自然保护区3处、自治区级自然保护区7处、地县级自然保护区3处)，建立国家湿地公园11处。但是，湿地保护工作中仍然存在一些突出问题，包括制度建设滞后，法规不健全、不完善；管理体系不完善，多部门管理，职责交叉，职能不清；科技支撑不到位，科研力量薄弱，研究水平不高，技术手段落后；保护资金缺乏，投入不足等等。
为此，草案明确规定，任何单位和个人都有保护湿地资源的义务，都有权对侵占、破坏湿地资源的行为进行检举、控告。任何单位和个人不得破坏或者擅自移动湿地保护界标。编制湿地保护规划，应当广泛征求有关单位、专家和公众的意见。
草案强调，县级以上人民政府应当采取下列措施恢复退化湿地功能：因缺水导致湿地功能退化的，建立湿地补水机制，定期或者根据恢复湿地功能需要有计划的补水；因过牧导致湿地功能退化的，实行轮牧、退牧、禁牧，并采取引水治沙、种草等措施进行恢复改造；因开垦导致湿地功能退化的，退耕还湿。
草案要求，禁止占用国际重要湿地、国家重要湿地从事建设活动或者改变其用途，经批准在湿地内从事建设活动的，应当符合湿地保护规划，并依法进行环境影响评价。
草案明确提出，在湿地内不得开垦、填埋；禁止捕鱼区、禁止捕鱼期捕捞鱼类；破坏鱼类等水生生物洄游通道和野生动物的重要繁殖区及栖息地；采用灭绝性的方式捕捞鱼类及其他水生生物；投放有毒有害物质、倾倒固体废弃物、排放污水；投放可能危害水体、水生生物的化学物品；其他破坏湿地的行为。
草案还规定，未经林业行政主管部门或者对湿地行使行政管理职责的有关行政主管部门批准，任何单位和个人不得擅自在湿地内排放蓄水、修建阻水或者排水设施；挖塘、取土、采砂、采石、采泥炭、揭取草皮；砍伐林木、猎捕野生动物、采集野生植物、捡拾鸟卵等。如有违反规定的，由县(市)以上林业行政主管部门或者有关行政主部门责令停止违法行为，处5000元以上2万元以下罚款，造成严重后果的，处2万元以上5万元以下罚款。
