一是施用农家肥的成本较高，而见效缓慢。一吨牛马粪的作用也顶不上一百斤化肥的作用，更何况现在农村饲养大牲畜的越来越少，一些专门从事牲畜和家禽饲养的人，一般也有专业的合作伙伴，将动物粪便加工后用于蔬菜或者花卉养殖。另外，由于施用动物粪便需要更多的人力，施用后还要进行翻耕，人工成本较高。
二是一些苗木经营者为了赚取更多的钱，从而贪快、贪大，恨不得一年苗子就可以长上十厘米，从而不施用见效缓慢的农家肥，而专门施用见效快的化肥，这样就形成了一个恶性循环，苗子越长越快，地越来越瘦，化肥用得越来越多。这样导致了一个什么结果呢？那就是因长期施用化肥，土壤变得板结，缺乏活力，树木虽然长势不错，但节间变长了，木质化程度低了，抗寒能力和抗风能力减弱了，树木更容易罹患病虫害，一些原本很皮实的树木也变得不皮实。
要想苗木产业健康地发展，首先要能生产出优质的苗木，而优质的苗木只有在优质地土壤中才能生长出来。故此，我们必须站在战略高度来看待苗圃的土壤问题！老话说的好“土能生金”，但这里所说的“土”指的是肥沃的土壤，而不是贫瘠的土壤。故此，我们在养苗的同时要学会养地。养地虽然见效慢，但他有后劲儿，是个功在当代，利在千秋的好事。
那么我们的地需要怎么养呢？第一要合理施用农家肥和化肥，二者应合理搭配。搭配得当，则相得益彰，不仅利于植株长势，而且可以使土壤越养越肥。二是要让土地适当“休息”。土地和人一样，也需要休息，在耕种几年后可以适当地让土壤闲置一季或两季，这样可以使土壤恢复肥力，并有效减少病虫害的发生。三是采取庄稼和苗木轮作的方式。这样做也可以使土壤保持较高的肥力，因为种庄稼需要精耕细作，经过轮作的土地更加有劲儿，种出的苗子长势更好。
对于目前苗圃地越来越瘦的问题，苗木种养者应予以重视，当地的政府和相关组织也应给予高度重视，积极进行引导和规范，这样才能促进苗木产业健康发展。
