作为世界上最大的牡丹生产、繁育、出口基地，经过一代代菏泽牡丹专家和花农的艰苦努力，我市牡丹出口额逐年稳步增加。我市有确切牡丹出口的历史可以上溯到20世纪五六十年代。1963年，原菏泽县赵楼公社赵楼大队特产队向朝鲜出口牡丹2000株、向苏联出口3000株，包括赵粉、葛巾紫、胡红、紫二乔、蓝田玉等数十个品种。目前，菏泽牡丹出口量占中国总出口量的80%以上，而中国又占世界牡丹出口市场70%以上的份额。牡丹出口对菏泽整个牡丹产业的发展具有巨大的拉动作用。
为让菏泽牡丹走得更快、更远，一方面菏泽海关借力全国海关通关一体化“一次申报、分步处置”业务改革，推进监管流程再造，简化通关手续，降低企业成本，实现快速验放，为菏泽牡丹扎根世界创造更为便利高效的通关环境；另一方面加大对牡丹生产企业的调研，指导企业积极申请海关知识产权保护，在传统苗木出口规模保持稳定增长的基础上，促进牡丹籽油、牡丹茶、牡丹护肤品等系列高端产品尽快走向海外市场。
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