根据线索，检查人员很快发现在该公司法定代表人李某的名下，除了K园林绿化工程有限公司以外，还有两家以农产品生产销售为主要业务的企业——D花卉苗木种植专业合作社和S苗木种植园，都在某县注册成立。3家企业都有在短期内开票金额巨大的疑点。
进一步查询分析，检查人员发现这7家企业集中在2015年和2016年注册成立并取得了增值税一般纳税人资格，在18个月之内对外开具增值税普通发票5787份，票面金额高达5.58亿元；自开农产品收购发票3951份，票面金额合计为3.8亿元，这些发票的商品名称全部为“苗木”。
检查人员初步判断，种种迹象表明，这7户企业存在关联，都有虚开发票的重大嫌疑。
发现空壳运作和资金回流证据
由于该案涉及户数多、涉案金额巨大、涉案企业之间关联性较强，该局按照“以点带面、各个击破”的方针，以D花卉苗木种植专业合作社为突破口，推动其他6户企业的检查工作。
实施检查，专案组发现这7户涉案企业均已走逃或失联。专案组通过数据查询系统逐一调取7户涉案企业的所有开票信息，分析开票清单，发现这些企业具有以下共同特征：一是开票金额全部为顶额开具；二是开票时间点相对集中；三是受票单位涉及地区广、受票单位分散。由于这些涉案企业成立时间较短，其开具发票的数量、金额及受票单位的数量，远远超出了正常合理的区间。
检查人员调取该D花卉苗木种植专业合作社账户信息，发现该单位在开票时间段内有大批量资金频繁出入，往往是受票方将货款汇到该社账户后，货款最快10分钟内，最长24小时内即被转出到某个人账户。例如，资金流水信息显示：杭州某园林工程有限公司通过对公账户转给该社货款640.89万元，这些钱很快就被转入名为罗某某的个人账户。
再调取其他6户涉案企业的资金往来信息，检查人员发现一个共同规律，即都是受票方将资金转入这些开票企业的账户后，很快就被转汇到个人账户；要么是全额转出，要么是扣除一定数额后再转出，差额通常为对应开出发票票面金额的0.5%～1.5%不等。
“负责人”说出虚开发票真相
根据所掌握证据，专案组决定请公安部门出手，依法对D花卉苗木种植专业合作社法定代表人李某采取控制措施。
面对税警人员联合询问，法定代表人李某交代，D花卉苗木种植专业合作社自成立之日起，未发生过一笔真实业务交易，自己参与或经手的类似于该合作社虚开发票模式的企业还有6家，这些企业都由自己的舅舅董某和杭州人蔡某实际操控。他们先广泛联系有发票需求的单位或个人，再通知所控制的7家企业到税务机关领取普通发票，之后将发票带到杭州对外虚开。
幕后操控人供述虚开发票详情
专案组迅速配合公安经侦部门对犯罪嫌疑人董某、蔡某进行抓捕。
面对提问，董某知道其外甥李某可能已经供出实情，虚开发票的事掩盖不住了。他很快就交代，自己在杭州工作时偶然认识了蔡某，蔡某告诉他，杭州有很多单位不能足额取得与苗木业务有关的发票，问董某能否回老家开办几家涉农企业，虚开发票，可以按照开出票面金额的0.5%～1.5%收取开票费。董某觉得这生意不错，赚钱很快，就安排自己的外甥李某在老家开办了几家农业种植专业合作社等类型企业，从税务机关领取发票后，带到杭州对外虚开。
不久，蔡某也承认，检查人员提到的7户涉案企业都是由他与董某共同策划成立的，目的就是对外虚开发票，赚取开票费，这7家企业从未发生过一笔真实的货物交易。
受票方承认无真实交易
专案组为了决定对接受7户涉案企业发票的下游企业展开实地调查取证。
由于涉及受票企业众多，检查人员选择几家重点下游企业进行外调。几家受票企业都交代，从来没有与淮南市7户涉案企业或有关当事人之间发生过真实的货物交易，有关发票是虚开的。
检查人员又对几家受票单位的账户及相关人员的个人账户进行了调查，印证了先前已经掌握的有关资金回流情况。以受票单位浙江某园林股份有限公司为例，D花卉苗木种植专业合作社于2016年1月13日向该公司开具普通发票10份，票面金额999990元。2016年1月14日15时42分，该公司向D花卉苗木种植专业合作社账户汇入999990元。12分钟后，后者就将990990元汇入一个名为魏某的个人卡中，差额9000元占对应开票总金额的0.9%，这9000元应为开票费。
后经查证，魏某为介绍虚开发票中间人，是一个重要犯罪嫌疑人。
通过实地外调、异地发函等形式固定证据，专案组最终查明：以董某、蔡某、李某、魏某为首的团伙，在一年多时间里，通过设立7家空壳涉农企业，对外开具增值税普通发票5787份，票面金额高达5.58亿元，受票单位多达631户次，涉及全国9个省（市）、30余个地市；同时，为逃避税务机关的日常监管，让企业的经营看起来更为合理，拉拢一些不明真相的亲戚朋友入伙，利用他们的身份证明，自开农产品收购发票3951份，票面金额合计3.8亿元。该团伙合计虚开普通发票9.38亿元，取得不法收入200多万元。
要点提示
增值税暂行条例第十五条第一款规定，对农业生产者销售的自产农产品免征增值税。据此，苗木种植园或合作社销售自产苗木产品是免税的。这意味着这类经营者开具发票无纳税负担。近年来，随着我国城市绿化快速发展和人们生活水平提高，花草树木的需求急增，同时购买花草苗木的单位财务制度越来越规范，一些苗木经营单位和个人需要发票，而一些非农业生产者销售苗木仍要按照适用税率申报纳税。这就造成了本案设立大量空壳企业虚开发票的行为，但是没有真实的交易开具发票属于虚开发票的行为，不仅会面临行政责任，还要承担刑事责任，纳税人在实际经营中应当规范经营，受票方虽然需要规范财务制度，但是同时也应当对其开票方予以核实，在有真的交易下才能接受对方开具的发票。
