督察指出，福建省在生态环境保护方面虽然取得重要进展，但在处理发展与保护关系时仍面临不少问题。有的地方和部门对当地环境质量存在盲目乐观情绪，为应对督察，漳州市临时将盆栽苗木摆放在应开展生态恢复的场地，把草皮直接铺设在混凝土地面上，明目张胆弄虚作假。
厦门大量污水直排
督察指出，个别地方和部门漠视群众诉求，群众反映强烈的三明永安市尼葛省级开发区臭气扰民问题久拖不决，严重影响周边居民正常生活。厦门市污水处理能力建设长期滞后，大量污水直排，严重影响近岸海域水质。
宁德市为了给建设项目腾出空间，于2012年、2015年两次擅自违规调整环三都澳湿地水禽红树林自然保护区范围和功能区划，导致自然保护区面积锐减至2442.64公顷，缩减94%。三明市党委政府和省住房城乡建设、自然资源等部门依法履行环境保护管理职责不到位，为永安金银湖水泥有限公司两个灰岩矿保留采矿权找理由、开口子，对桃源洞—鳞隐石林国家重点风景名胜区生态保护造成较大影响。
县政府蓄意作假 伪造专题会议纪要
督察发现，一些地方和部门在督察整改时敷衍应付。漳州市华安县政府及相关部门对群众投诉的漳州友利石墨有限公司废气长期超标排放问题敷衍应对，任由污染问题长期存在。此次督察发现，该企业废气仍超标排放，甚至利用渗坑排放强酸性废水。为应对督察，华安县政府还伪造专题会议纪要，蓄意作假，性质恶劣。
福州市闽侯县政府对企业弄虚作假问题监管不力，闽信建材公司2018年上报已完成生物质锅炉改造并领取政府锅炉改燃补助资金，但为降低成本仍在大量使用燃煤，锅炉污染问题并未解决。现场检查时，为掩盖长期烧煤事实，企业临时将生物质颗粒燃料覆盖在煤堆上，企图蒙混过关。
违规填海造地导致生态系统功能退化
督察发现，一些地方和部门对重要海洋功能区保护不力。福建定海湾实业有限公司擅自改变用海方式，违法建设连江定海湾山海运动休闲项目，但2016年以来，福建省发展改革、海洋与渔业部门先后将其确定为福建省重点项目和海洋经济重大项目，福州市将其列入第一批市级特色小镇创建名单。
2017年4月，漳州市古雷港经济开发区管委会为推动古雷炼化一体化项目建设，在未取得用海手续情况下，擅自委托福建漳龙建投集团有限公司实施违法填海项目，侵占东山湾湿地，截至2018年10月，共填海造地5820亩。2012年至2019年，南安市水头镇巷内村持续在南安市安海湾海域违法填海，侵占大盈溪河口湿地500多亩，导致局部生态系统功能严重退化，近岸海域水质明显恶化。泉州市政府在未经上级海洋部门批准的情况下，多次试图通过调整海洋功能区划使上述违法围填海行为合法化。
